Ein Staatsstipendium ermöglichte ihm ein 3-jähriges Studium am Tschaikowsky-Konservatorium/ Moskau beim Nachfolger David Oistrachs, Valery Klimov. Diplom mit Auszeichnung. Nationale und internationale Preise.

Als Solist konzertierte er mit Dirigenten wie Sergiu Commissiona, Christian Thielemann, Saulius Sondeckis, Wolfgang Rögner, mit der "Philharmonie der Eremitage St. Petersburg", dem Mozarteum-Orchester Salzburg, der Staatsorchester Athen, der Slowakischen Philharmonie, den Prager Symphonikern, Prager Rundfunk, Brünner PH, Mährische PH, Janacek PH, Nürnberger Philharmonie, der SWF-Philharmonie, Janacek und Martinu Philharmonie, Camerata St. Petersburg, dem Wiener Kammerorchester, Moskauer Kammerorchester, Litauischem-, Prager- und Suk – Kammerorchester und vielen anderen.

Seine solistischen Auftritte mit Orchester erfolgten im Großen Festspielhaus in Salzburg, im Wiener Musikverein und Konzerthaus, Festival Echternach, Meran Festival, Prager Frühling, Budapester Frühling, bei den Wiener Festwochen und Musiksommer, beim Carinthischen Sommer, Estoril; Kammermusik und solistische Auftritte mit Josef Suk, Igor Oistrach, Jörg Demus, Paul Badura Skoda, Pavel Gililov, Vitali Samoshko, Maurizio Barboro, Tatjana Grindenko, Rainer Honeck, Franz Bartolomey und vielen anderen.

Gernot Winischhofer gründete das "Oistrachensemble" mit Igor & Valery Oistrach, das "Trio di Vienna" als auch das "Wiener Klavierquintett". Er ist künstlerischer Leiter vom Ost-West Musikfest, welches er 1987 gründete.

Tourneen und Konzerte führen ihn durch ganz Europa, Nord & Südamerika als auch Asien. Rundfunk- & Fernsehaufnahmen. Meisterkurse in den USA, Japan, Korea, Moskau, u.a.

Von 1992 bis 2015 unterrichtete er als Professor im Fach Violine an der Musik und Kunst Privatuniversität der Stadt Wien (vormals Konservatorium Wien Privatuniversität). Im Jahr 2010 gründete er dort mit seinen besten Studenten das Kammerorchester Camerata Vienna.

Gernot Winischhofer hat zahlreiche CD-Aufnahmen. Er spielt eine Violine von Paolo Maggini, die "Ole Bull”, die um circa 1600 in Brescia gebaut wurde.